История создания иркутской мечети началась в 1884 году, когда местный крестьянин попросил городскую думу разрешить построить одноэтажный дом на принадлежащем ему участке земли. Разрешение ему дали, а в 1887 году он продал землю с постройкой татарину Шафигуллину за 2000 рублей.
Именно братья Шайхулла и Загидулла Шафигуллины решили основать на этом месте соборную мечеть. Согласно требованиям того времени, для этого было необходимо, чтобы количество прихожан в будущий молельный дом превышало 200 человек мужского пола. Были и другие требования: общество, желающее составить новый приход, должно было подтвердить свои финансовые возможности для содержания мечети и нужного при ней духовенства.
В июне 1890 года братья Шафигуллины, крестьяне Казанской губернии, попросили губернатора разрешить устройство мечети, но им отказали. С этого момента началась борьба за открытие мечети, которая длилась семь лет — правительство долго пыталось найти законные основания для отказа, так как настороженно отнеслось к инициативе. Такими причинами были названы численность и сословный состав магометанского населения Иркутска.
Из-за этого противостояния в городе в конце XIX века дважды проводилась перепись мусульман, благодаря чему сохранились сведения о численности, сословиях, роде занятий членов общины. Только к декабрю 1895 года составили полный список магометян Иркутска, что наконец удовлетворило власть имущих. Еще через год, 11 декабря 1896 Шайхулле Шафигуллину было выдано удостоверение на разрешение приспособления деревянного дома к размещению в ней мечети до постройки новой соборной.
В декабре 1897 магометанская суннитская мечеть была достроена. Эта мечеть была деревянной. Особый интерес в новой мечети представлял минарет. Его прообразом послужили минареты татарских мечетей Среднего Поволжья. Установленный прямо на коньке кровли, он завершался остроконечным восьмигранным шатром.
Прихожан в мечети оказалось слишком много, они не могли поместиться в небольшое деревянное здание, поэтому было решено возвести новое каменное сооружение. Его строительство началось в 1901 году. Архитектурно новое здание храма отсылает к подобным сооружениям Среднего Поволжья, в первую очередь, в Казани. Закончили строительство новой мечети в 1905 году. При ней были организованы библиотека, школа, приют для сирот и инвалидов, столовая для бедных.
Мечеть окончательно закрыли для прихожан в советское время в 1939 году. Позже здесь был жилой фонд, автошкола, мотоклуб. А старый деревянный минарет разобрали, его не удалось сохранить.
В 1980-е здание пережило пожар, от которого пострадала значительная часть внутренних построек. Возрождение мечети началось в середине 90-х годов прошлого века.
Сейчас Соборная мечеть является памятником архитектуры федерального значения. Проект реставрации здания был подготовлен в 2004. В ноябре 2011 с него сняли крышу. В рамках ремонта все сгнившие деревянные балки заменены на железобетонные, в помещении сделана новая кровля. В 2012 возведен заново 28-метровый минарет.
Информация взята с сайта мусульман Иркутской области